Luego de cumplir con campañas medianamente satisfactorias durante los años 2007 y 2008, en el Torneo Clausura 2009, el equipo, que contó con la decisiva participación de Mario Bolatti, Javier Pastore, Matías Defederico y otros, con Ángel Cappa en la dirección técnica, desplegó un juego vistoso que rescató la esencia de un estilo que parecía olvidado, cumpliendo una actuación cuyos ecos perduran en el tiempo.
En el Torneo Clausura 2009 se reflotaron las raíces de buen fútbol del club, provocando una adhesión en simpatizantes de otros equipos, en una amplia franja del país. Huracán cosechó 38 puntos, consiguiendo el segundo puesto, tras el campeón, Vélez Sarsfield, con quien se enfrentó en la última fecha en el Estadio José Amalfitani, cayendo por 0:1 a ocho minutos del final, en un partido plagado de irregularidades, con un gol mal anulado de Eduardo Domínguez, e incluida la falta contra el arquero Monzón que derivó en el gol del título para Vélez Sarsfield, lo que originó una protesta formal del club ante la AFA y el reconocimiento de un amplio espectro de opinión a la campaña del equipo, al punto de que el prestigioso diario deportivo Olé lo consagró como el segundo mejor equipo del año, por encima de los dos campeones, Vélez Sarsfield y Banfield, y sólo detrás del subcampeón mundial, Estudiantes. Asimismo Mario Bolatti fue elegido el segundo mejor jugador, después de Sebastián Verón; Javier Pastore fue, según el mismo diario, la revelación del año, y el entrenador Ángel Cappa el mejor director técnico.
La alineación del campeonato fue: Gastón Monzón, Carlos Araujo, Paolo Goltz, Eduardo Domínguez, Carlos Arano, Patricio Toranzo, Mario Bolatti, César González, Javier Pastore, Matías Defederico, Federico Nieto, DT: Ángel Cappa
Otros integrantes del plantel:Lucas Calviño, Kevin Cura, Ezequiel Filippetto, Leandro Javier Díaz, Gastón Esmerado, Gastón Beraldi, Alan Sánchez, Luciano Nieto, Leonardo Medina, Ariel Colzera.
La pérdida del Clausura 2009 fue un golpe moral tan fuerte, que el club sufrió una severa crisis deportiva que lo sumió en los últimos lugares del Torneo Apertura 2009, provocando incluso la salida anticipada del técnico.
Luego de un pequeño interinato de Jesús Martínez, se contrató a Héctor Rivoira como director técnico del primer equipo. Tras 4 partidos sin conseguir buenos resultados, Rivoira logró mantener un equipo inicial que consiguió 26 puntos, terminando en la décima posición del Clausura 2010, contando como figuras excluyentes a Gastón Monzón y Patricio Toranzo. En el siguiente torneo, el equipo perdió jugadores importantes como Goltz, Eduardo Domínguez y Toranzo, y tras una racha de muy malos partidos, el técnico presentó su renuncia ante la comisión directiva.
El próximo técnico elegido por el presidente Carlos Babington fue un integrante del equipo campeón de 1973, Miguel Brindisi. En este nuevo lapso no se consiguieron buenos resultados, pero se ganó un partido especial, justamente el clásico contra San Lorenzo por 3 a 0, en el Apertura 2010. Luego de la renuncia de Brindisi, ya con el Clausura 2011 iniciado, Roberto Pompei -otro hincha de Huracán- se hizo cargo del equipo. Lamentablemente se continuó la línea de malos resultados, a tal punto que en el final del Torneo Clausura sólo ganó un partido de los últimos diez, y en la temporada 2010/2011 ocupó el último lugar en la tabla sumatoria de ambos torneos. En la última fecha del torneo, agónicamente se salvó del descenso directo gracias al empate conseguido por Boca Juniors con Gimnasia y Esgrima La Plata en el minuto 48 del segundo tiempo, al convertir el segundo gol Christian Cellay, jugador nacido en la inferiores del Club, generando así la disputa de un de partido de desempate, que se jugó el 22 de junio de 2011 frente a Gimnasia y Esgrima La Plata, en La Bombonera, para definir el puesto de descenso y el puesto de promoción. Tras la derrota por 2 a 0 se consumó el cuarto descenso a la segunda categoría, en 25 años.
Luego de la anunciada renuncia de Carlos Babington, después de las elecciones que dejaron a Alejandro Nadur a la cabeza del club y con Juan Amador Sánchez como nuevo director técnico, empezó la temporada 2011/12 de la B Nacional sin buenos resultados, al perder por 2 a 0 frente a Instituto de Córdoba y después contra Gimnasia de Jujuy, por el mismo resultado. Luego consiguió el primer triunfo en su cuarto paso en el ascenso frente a Guillermo Brown, pero inmediatamente empató como local frente a Boca Unidos de Corrientes y perdió con Almirante Brown. Esta serie de malos resultados desembocó en la renuncia de Juan Amador Sánchez como director técnico tras sólo 5 fechas disputadas. Luego vendrían 3 fechas con Néstor Apuzzo como DT interino, obteniendo una victoria por 3 a 0 como local frente a Independiente de Mendoza, una derrota 0 a 2 contra Quilmes y una victoria por 1 a 0 frente a Deportivo Merlo.
El 30 de septiembre de 2011 asumió como nuevo DT Diego Cocca, junto a Walter Coyette, que como jugador formó parte del equipo que obtuvo el ascenso en 2007, y Adrián González como ayudantes de campo, y como mánager a otro exjugador del club e hincha del Globo, Mariano Juan.